الجزء الأول (ناروتو)
هاجم الثعلب الأسطوري ذو الذيول التسعة (أو كما يطلق عليه باليابانية كْيٌوبِي 九尾 ("تسعة ذيول"
?)) قرية
كونوها وقتل العديد من سكانها وعاث فساداً في أرضها، تصدى له الشهاب (الهوكاغي 火影 ("ظل النار"
?)) الرابع "
ميناتو ناميكازي"، واستعمل تقنيةً حبس بها الكيوبي في جسد مولود جديد وهو
ناروتو أوزوماكي لكن بالمقابل ضحى الهوكاغي بحياته. رأى أهل القرية في الهوكاغي الرابع بطلاً لتضحيته بنفسه. أهل القرية لم يريدوا الاختلاط بالولد لأنه دائما يذكرهم بالثعلب الذي كان سببًا في حزنهم وخراب أرضهم يومًا ما. أصدر الهوكاغي الحالي -الثالث- مرسومًا يمنع التحدث بأمر هجوم الكيوبي لأي أحد آخر -يشمل ناروتو نفسه الذي لا يعلم بأمر الثعلب الذي بداخله-. بعد اثنتي عشرة سنة، يخدع النينجا الخائن ميزوكي ناروتو لكي يسرق لفافة سريَّة ستعلمه تقنية سريَّة، ولكن يوقفه معلمه
إيروكا أومينو. حينما كاد إيروكا يُقتل من أجل حماية ناروتو من ميزوكي الذي كشف لناروتو عن حقيقة كونه حاويًا للكيوبي، يستعمل ناروتو
جوتسو -أسلوب نينجا- تعلمه من اللفافة يسمح له بإنشاء نسخ طبق الأصل له،
كاغيه بونشين نو جوتسو ليهزم ميزوكي.
يتم تعيين ناروتو مع
ساسوكي أوتشيها وساكورا هارونو في فريق واحد هو الفريق السابع تحت قيادة قائد من النخبة يُدعى
كاكاشي هاتاكي. مثل بقية الفرق في القرية، يقوم الفريق السابع بتنفيذ المهمات المطلوبة من القرويين ابتداءً من الأعمال المنزليَّة (للطلاب الجدد) وحتى الحراسة والقتال. يشارك الفريق السابع في قتال ضد زابوزا في قرية الضباب ثم في امتحان الترقية لرتبة تشونين ويكتسبون خبرة في القتال، وأثناء المرحلة الأخيرة من القتال يغزو النينجا الأشد طلبًا في لائحة كونوها
أوروتشيمارو كونوها ويقتل الهوكاغي الثالث ثأرًا. هذا يقود
جيرايَّا أحد السينين الأسطوريين للبحث عن زميلته السابقة
تسونادي بعد أن تم ترشيحها لتصير الهوكاغي الخامس. أثناء هذه الرحلة يكتشف أن أوروتشيمارو يريد الاستيلاء على جسد ساسوكي من أجل
الشارينغان، ساسوكي من أجل اكتساب القوة الكافية للانتقام من أخيه
إيتاتشي أوتشيها الذي قتل كل أفراد عشيرته -
أوتشيها-، يذهب لأوروتشيمارو، يحاول ناروتو إعادته ولكنه يفشل ولكنه لا يستسلم ويستمر بوعده لساكورا بإعادة ساسوكي، ويذهب فيما بعد للتدرب على يد جيرايا لمدة سنتين ونصف.
الجزء الثاني (ناروتو شيبودن)
يعود ناروتو الى قريته بعد سنتين ونصف من التدريب على يد السيد جيرايا ليقابل اصدقائه مرة اخرى ثم تكلفه السيدة
تسونادي التي اصبحت الهوكاجي أن يقاتل هو وساكرا معلمهم القديم فى الفريق السابع
هاتاكي كاكاشي لتختبر قوتهم وهنا تاتي النتائج مذهلة فقد ارتفعت قوة ناروتو بشكل كبير وكذلك الحال مع ساكرا التى قضت السنتين والنصف فى التدريب على يد تسونادي وعندها تقرر تسونادي ان تكون فريقا من ناروتو وساكرا وكاكاشي يذهب لمساندة قرية الرمل حليفة كونوها في محنتها مع الأكاتسكي الذين خطفوا الكازيكاغي
غارا.